2000年，中国财政部、国家税务总局发布了91号文件^[2]，确定了合伙企业税收原则：合伙人为合伙企业收入的纳税义务人。《合伙企业法》于2006年修订后，财政部和税务总局在2008年发布了159号^[3]文件，进一步明确了合伙企业的税收模式。159号文重申，合伙企业不属于企业所得税法的纳税主体，即，就所得税而言，合伙企业是一个透明实体。合伙企业的每一个合伙人为纳税义务人，就其从合伙企业按份额取得的收入纳税，自然人合伙人缴纳个人所得税，法人或其他组织合伙人缴纳企业所得税。

159号文同时确立了合伙人应税所得采用“先分后税”的原则。合伙企业先计算其所得（包括生产经营所得和其他所得，下称“合伙企业应税所得”），后将该所得“分”给各合伙人进行纳税。

（1）合伙企业应税所得

合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为合伙企业应税所得。其中，收入总额指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。简单举例如下（例一）：

如果合伙企业发生了年度亏损，则该亏损允许结转用于抵减下一年度所得，最长结转期间为５年。

2)征收方式

中国的合伙企业主要以查账征收方式为主，具体所得方式计算如上。

不过，如果企业的账务处理能力不济（例如账簿应设未设、账目混乱、收入或支出难以查证等），中国税务机关可以采用核定利润法，即在合伙企业的收入或支出上适用核定利润率计算应税所得。实践中，税务机关通常对不同行业有一个指导性核定利润率，例如工业、商业在5%-20%，建筑业、房地产开发业适用7%-20%，饮食服务业约在7%-25%，娱乐业20%-40%，其他行业10%-30%。核定利润率法不仅见于合伙企业，还多见于非居民企业纳税人。核定利润法有时可能会给合伙企业及合伙人带来税务优势，不过，合伙企业申报时并不能自行选择适用核定利润法，而需税务机关审批。近年来，中国税务机关已经开始对特定行业的核定计税进行清理。可以预见，税务机关将对常规合伙企业的核定利润法采取更谨慎和趋于否定的态度。

确认应税所得金额后，合伙企业开始根据合伙份额或合伙协议的约定、向各合伙人“分配”所得。此处的分配是一个仅为纳税目的而采用的虚拟概念，并不导致任何实际支付或分配的义务。因此，合伙企业在计算所得时应包括分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（未分配的利润）。相比之下，法人企业的未分配利润不会立即成为企业股东的应税所得，仅在利润实际分配时才产生纳税义务。因此，法人企业使用留存利润扩张企业是一种成本低廉、较为省税的手段，同时法人企业股东可通过推迟分红递延股东纳税时点。相较而言，目前税制下合伙企业在这方面的筹划空间较小。

此外，合伙份额作为计算各合伙人应税所得的基础，应由合伙协议约定。根据《合伙企业法》，合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。如合伙协议未有约定，则由合伙人协商决定；协商不成，以合伙人实缴出资比例为准；出资比例难以确定的，则以合伙人数量平均计算分配比例。

自然人合伙人的应税所得，除另有规定外（见第2.3节），应比照个人所得税法的“经营所得”项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，按年计算征收个人所得税。每月（或每季度）由合伙企业进行预缴申报，次年3月31日前自然人合伙人应进行汇算清缴。

合伙人是法人和其他组织的，应就其应税所得缴纳企业所得税（税率一般为25%；境外法人合伙人规则见第3.1节）。不过，合伙企业的亏损不得用于冲减法人合伙人自身的盈利。举例来说，假设某一法人合伙人从合伙企业分得亏损100万元，同年该法人自身业务实现盈利300万元。从会计角度，该法人当年实现盈利200万元，但就计算应税所得来说，该法人当年仍需就全部的300万元盈利缴纳企业所得税。该100万元合伙企业的亏损，连同向其他合伙人分配的亏损，只可结转用于来自合伙企业的应税收入，最长不超过5年。换句话说，自某一合伙企业分得的亏损仅可用于抵减未来该合伙企业分配的应税所得。申报方面，境内法人合伙人应当在企业所得税季度预缴和次年5月31日前进行的企业所得税汇算清缴时，申报合伙企业取得的收入，并依法纳税。

接例一说明合伙企业应税所得在各合伙人之间的分配：

尽管中国的个人所得税法将个人从合伙企业取得的所得定义为经营所得，并施以3%至35%的个人所得税税率，但另一方面，个人直接取得的利息、股息和财产转让所得却适用20%的个人所得税均一税率。那么，是否对于从合伙企业处取得的消极收入也可适用类似的税务处理，转用均一税率呢？答案是，可以。84号文^[4]允许自然人合伙人就合伙企业因投资取得的某些被动收入适用均一税率。具有争议的是，该税收待遇仅明确适用于自然人合伙人。

根据84号文，合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，区别于其他从合伙企业分配的经营所得，由自然人合伙人单独按“利息、股息、红利所得”项目计算缴纳个人所得税，适用20%的均一税率，并由合伙企业按次申报缴纳。这种税收待遇颇受投资基金的自然人LP的欢迎，因为这些基金投资回报的主要形式之一就是被投资组合企业的股息收入。尽管与经营所得的边际税率35%相比，20%是一个略低的税率，不过如果合伙企业因其他经营活动出现年终亏损，自然人合伙人仍需就合伙企业取得的“利息、股息、红利所得”单独缴纳个人所得税。该处理与合伙企业亏损不得用于抵扣合伙人的其他非从合伙企业取得的所得原则一致。

对于法人合伙人从合伙企业取得的股息、利息所得，目前法律并无明文规定如何纳税。如果法人合伙人被要求单独确认股息、利息所得，该所得将被并入法人合伙人的应税所得总额并缴纳25%的企业所得税。值得注意的是，法人（企业）通过合伙企业间接持有的投资，被投资企业分配的股息不会成为法人（企业）的免税收入。操作中，由于法律并未禁止，部分地方政府参考免税规则（见第2.3节），暂时允许这种法人合伙人取得的间接股息所得作为企业所得税的免税所得。例如，北京^[5]和其他某些城市为吸引投资，施行这种免税处理。不过，一旦税务机关出台具体规定后，这种处理可能面临税务风险。

由此，接例一说明合伙企业取得对外股权投资返回的股息收入的税务处理：

从上述2.1至2.3节关于合伙企业的所得计算以及合伙人的纳税可以看出，中国对于合伙企业税收采用一种特殊的穿透规则。一方面，合伙企业是一个纳税透明实体，其应税所得由合伙人直接纳税。另一方面，合伙企业的所得性质在多数情况下不会被穿透至合伙人、作为合伙人直接取得的所得。归属于合伙人的所得基本被认定为合伙人的主动经营所得。这对于以经营所得为主要收入来源的合伙企业来说不是问题，但是，一旦合伙企业以被动所得为主要收入来源，其所得性质却被这种纳税规则彻底改变。

事实上，这大抵是由于税务规则已无法跟上合伙企业在现行的法律体制下的发展所引起的。2000年91号文发布时，只存在普通合伙形式，合伙企业多为像律师事务所以及会计师事务所等专业机构赚取主动收入。2006年中国《合伙企业法》加入了有限合伙形式后，至今，中国税务当局仍未更新相应的税务规则。目前的税法规则并未对纳税人身份（LP或GP）以法规区分（实践中或有不同，见第3.1节），对所得性质也不予明确，因此大部分税务机关在征税时倾向于采用更严格的解释，认为“所得性质不穿透”，并将合伙企业所得一并作为合伙人的经营所得予以征税，除非法律另有规定（见第2.3节）。

对自然人合伙人来说，“所得不穿透”带来的影响较大，这主要是因为中国的个人所得税以所得性质为基础，就主动收入与被动收入适用不同的征税方式和税率。一般而言，个人直接投资（非通过合伙企业）取得的被动收入（如财产转让所得、租赁所得等），根据《个人所得税法》，应适用20%的个人所得税税率，但主动的经营所得则适用5%至35%的个人所得税税率。个人通过合伙企业的投资，使得原本为被动性质的收入（除股息、利息外）通过合伙企业这一中间层转而成为主动性质的经营收入，缴纳5%-35%的个人所得税，造成了直接投资和间接投资的税收差异和不公平待遇。

对于法人合伙人来说，所得性质不穿透带来的影响略为轻微，除了第2.3节的股息所得。